细胞STR鉴定十大误区

STR 检测及国际细胞鉴定委员会介绍
STR 是短串联重复序列，也叫微卫星序列。是由 2-6 个碱基 n 次重复形成的具有高度多态性的序列，人源细胞 STR 鉴定选择的 STR 基因座，片段长度一般在 500bp 以内。
ICLAC（国际细胞鉴定委员会）于 2012 年成立，推荐 STR 检测用于人源细胞系 的 身 份 鉴 定 ， 并 制 定 了 相 应 的 标 准 : Standardization of STR Profifiling (ASN-0002-2011)。该委员会的成立，目的就是推动医学研究领域对细胞系的错误识别和交叉污染问题的深刻认识，并将细胞系的身份认证作为有效的方法来减少和防止细胞系的错误识别，交叉污染。

关于我们
美德华生（北京）检测技术有限公司自 2010 年提供细胞系 STR 鉴定服务，已累积 19000+次检测分析经验。同时也积累了 PDX 模型，PDO 模型，iPSC 细胞， 干细胞，Car-T，NK，原代细胞等不同类型的样本的不同鉴定需求的经验。在此借助丁香园平台，将我们近十年遇到的一些突出问题做一总结，与同行共享，望能够推动行业对细胞鉴定的认识，并正确对待。

细胞STR鉴定的若干误区：
误区一、通过 STR 检测，就可以确认所有细胞身份
目前只有在国内外各细胞库公布了 STR比对参考数据的人源大部分肿瘤细胞和部分其他细胞，才可以通过STR数据比对确认身份。通过 STR 检测确认细胞身份，前提是该细胞必须有参考的 STR 数据。

误区二、STR数据是细胞独有的身份基因数据
STR 数据只是细胞来源供体的特有身份数据，并不是特定细胞的独有身份数据。只是因为绝大部分细胞系都是来自不同的供体，所以才具有了独有的 STR 身份数据。

误区三、STR鉴定时只关注是否能够确认身份，而忽略对交叉污染现象的重视。
STR 检测的意义：一、通过 STR 数据比对确认身份 ；二、STR 数据可以直观的反映细胞是否有外来细胞的交叉污染。如果细胞被污染了，即使 STR 数据比对确认了身份，也是无用的。

误区四、 没有STR参考数据的细胞，做 STR 检测没有意义
ICLAC 的建立，就是提倡大家通过 STR 检测的手段来对细胞进行身份识别和交叉污染监控，尤其是对于新建或没有提交 STR 数据的细胞，更加鼓励研究者在能够确保该细胞的真实身份时，共享 STR 数据，以便行业共同监督和使用。在科研投稿时，杂志编辑方要求作者提供实验用细胞的 STR 图谱，首先通过 STR 图谱可以直观反映是否有交叉污染，其次有 STR 原始参考依据的前提下确认细胞真实身份。如果所用细胞没有原始 STR 数据参考，也可以说明细胞是否交叉污染。同时通过增加其它实验辅助说明该细胞的真实性。如此一来，主张申明该细胞的 STR 数据，就是我们检测并提交的数据。也可为同行及后来者提供参考依据，填补该细胞的 STR 数据空白，增加文章的引用价值。

误区五、细胞 STR 检测只在文章投稿时做，或者新买来的细胞只做一次。
根据 ICLAC 的建议，如下情况都需要做 STR 检测：刚买的细胞/实验项目开始前；传代 5 次以上的或隔了 6 个月以上的；长期冻存后准备使用前；实验结束时；实验过程中细胞表型有任何变化的；新建的细胞系；耐药后。

误区六、 细胞 STR 检测的位点，只选用 9 个就够。
根据 Standardization of STR Profifiling (ASN-0002-2011)的建议，实际上是不少于 8 个 STR位点和一个性别位点。由于在形成标准之前的很长一段时间，市场上流行 9 个和 10 个位点的试剂盒，并没有更多位点的选择。所以定义了不少于 8 个 STR 位点，所以也就造成了现在的很多细胞 STR 参考数据是 9 个位点的。但随着检测样本的逐步增加以及技术标准的不断提升，当前行业里已经流行至少 15 个 STR 位点和一个性别位点的检测标准，ATCC 提供的 STR 检测服务也采用 17 个 STR 位点和一个性别位点。并且后期的各细胞库 STR 参考数据多是≥16个位点，同时更多位点对于染色体异常或基因组不稳定、交叉污染程度较轻等情形，检出率更高。

误区七、STR数据比对时，只与 ATCC、DSMZ 等细胞库比对
目前已公开细胞 STR 数据的细胞库较多，但是能通过数据比对确认身份（盲比）的途径较少。为了更广泛的获取比对依据，先确认细胞是否有可比对的 STR 数据。在各大细胞库找到该细胞，并确认有对应的STR数据时，再比对确认细胞身份 。

误区八、小鼠细胞无法做 STR 检测
小鼠细胞的 STR 检测标记，ATCC 于 2017 年已有 9 个位点的专利发布。2019 年 6 月， 国际多家权威机构又发布了 18个小鼠STR位点的信息，并且同时公布了21 种小鼠细胞系的 STR数据。 可见并不是不能做，只是缺乏可比对的数据库（尤其对于需要确认细胞系身份的科研工作者就觉得没必要做了），另外能够提供小鼠 STR 检测服务的第三方也很少。至于还有说因为小鼠STR有几百个重复，所以没法做的说法更是没弄清楚 STR 到底是怎么一回事的。但即使如此，从发文章的角度来说，能够率先提供自己研究用的小鼠细胞的STR数据，至少可以体现细胞没有交叉污染，并且可以接受同行的验证（因为随着文章的发表，随之公布的小鼠STR数据就会成为同行审评的参照）。这对于细胞的质量也是一种科学的控制。

误区九、对于细胞的交叉污染认定
一般认为有三个 STR 基因座出现多峰（多等位基因）现象，就可判定为细胞有交叉污染现象。但是对于肿瘤细胞而言，需着重考虑自身基因变异的特殊性，不能据此武断做出结论。而且多峰只是一种表现形式，等位基因失衡也是交叉污染的一种表现形式。

误区十、对于细胞同源性的认定
ATCC 的标准，认为匹配度大于 80%即可认定，即为同一来源细胞。但是实际上很多无关细胞，在单独比对 9 个位点时，匹配度都在 80-85%之间。对于这种情况，也不要简单的以大于 80%来认定，需综合考虑两个样本STR的数据遗传信息以及样本的背景信息。