小鼠细胞STR鉴定

一、服务简介

      STR（Short Tandem Repeat，短串联重复序列）是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA 串联重复序列，其核心序列重复次数存在个体差异多态性，因此STR也被称为细胞的DNA指纹。据估计，已建立的细胞系中，约20%是错误的细胞类型或物种起源，约30%存在种间或种内交叉污染(ICLA受污染细胞清单)。细胞系的交叉污染和错误辨识已成为生物医学基础研究和生物医药产业的重大危害，并导致科学研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗失败等。因此NIH、ATCC、Science和Nature等权威机构多次发出呼吁并要求研究者对细胞进行鉴定。无论是文章投稿、基金申请、细胞治疗还是构建细胞库，细胞是否有“身份”都是必不可少的重要环节。

     依据美国国家标准技术研究所NIST 和ATCC 建议的9个四碱基重复位点：18-3、9-2、6-7、5-5、X-1、15-3、12-1、6-4、4-2和Jarid1。并额外添加人源位点CSF1PO和vWA，用于鉴定人鼠细胞交叉污染。

    本科研单位实验室20位点的小鼠细胞STR分型检测：18-3、4-2、6-7、19-2、1-2、7-1、8-1、1-1、3-2、2-1、15-3、6-4、13-1、11-2、17-2、12-1、5-5、X-1   + TH01、D5S818。国内首创技术，采用人鼠复合扩增体系检测人类细胞中的小鼠细胞污染，主要应用在干细胞研究领域。同时可以用于判断人鼠细胞混淆的情况。

二、服务内容

（一）小鼠细胞STR鉴定服务流程

（二）小鼠细胞STR鉴定服务特点

      1．采用国际目前最先进的STR检测技术。采用小鼠基因分型试剂盒（Mouse STR v3.0）对18-3、4-2、6-7、19-2、1-2、7-1、8-1、1-1、3-2、2-1、15-3、6-4、13-1、11-2、17-2、12-1、5-5、X-1等18个小鼠STR位点（与CELLOSAUROUS数据库一致）和2个人源STR位点（同时监控是否有人源细胞交叉污染）进行复合扩增，在ABI 3130XL型遗传分析仪上对扩增产物进行检测。

      2．灵敏度高。可以鉴别细胞样本中含有的少量其他人源和小鼠细胞污染，检测线为皮克级：30pg/μL。

      3．参考国际细胞鉴定委员会（ICLAC）发布的细胞鉴定标准：其中旧版（ASN-0002-2011）。

      4．鉴定报告中文版或中英版（自选），以及图谱（见小鼠细胞STR分型检测图谱）。报告列举和标准细胞库匹配度≥80%的细胞STR数据列表，同时附上STR分型数据结果在标准细胞库的比对截图，使结果更加直观，便于分析理解。

      5．种属鉴定作为辅助检测。当对样本进行小鼠细胞STR分型检测时，发现是非小鼠的，则进行种属鉴定，确认样本种属。

（三）小鼠细胞STR鉴定注意事项

      1．样品寄送：用户提供DNA或细胞 样本，加冰袋运输；同时请注明细胞数量或DNA含量，DNA 含量最好大于50ng/μl，体积大于20μl。如提供细胞，请提供PBS细胞悬浮液，离心沉淀，去上清液，可常温特快专递运输（京外客户推荐方法）；细胞数量≥10⁶个。

      2．正常检测周期5-7个工作日，加急2-3个工作日。同时，可以提供小鼠细胞STR分型检测整体解决方案，即提供ABI 3130xl和配套的试剂软件，技术培训，实现自行检测，控制检测时间。

      3．本单位所提供的小鼠细胞STR分型检测可分为科研级，工业级。科研检测：遵循ISO17025原则，样本、数据长期保存，不支持现场审查；工业级：遵循ISO17025原则，样本、数据长期保存，支持现场审查。

（四）小鼠细胞STR鉴定结果交付

      检测结果以电子版的形式发放到订单或合同上面预留的邮箱，书面报告可根据需要随时提供，寄送到贵单位。

三、小鼠细胞STR鉴定20位点

      小鼠细胞20个基因座检测：18个小鼠位点+2个人源位点。位点如下：

备注：

1.根据国际细胞鉴定委员会（ICLAC）发布的细胞鉴定标准（ASN-0002-2011），细胞系的匹配度≥80% 时，认为它们具有相关性，即衍生于共同的祖先细胞；匹配度在55% 至 80% 之间，需要进一步验证相关性；小于55%，表明两者不具有相关性。

2.有效峰为真实的PCR条带;小峰和非特异性条带在计算中忽略不计。

3.本检测体系的小鼠细胞STR检测位点参考:Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines. （June 20,2019）PLoS ONE，人源THO1、D5S818 STR位点可同时监控是否有人源细胞DNA污染。

4.STR数据比对默认Cellosaurus数据库，该数据库是目前最权威最全面的细胞系STR数据库比对来源，集合了ATCC，DSMZ，JCRB、ECACC、COG、CBA、KCLB等所有数据库或文献发布的人源和小鼠细胞STR数据，若有其它个性比对数据要求需提前注明被检样本的STR数据比对来源。