人源细胞STR鉴定
人源细胞STR鉴定:确认是否有人源细胞间的交叉污染,比对确认细胞系。STR溯源比:和数据库8159个人源STR数据确认细胞,和指定细胞或组织相互比对,不比对。
一、服务简介
STR(Short Tandem Repeat,短串联重复序列)是一类广泛存在于真核生物基因组中的DNA 串联重复序列,其核心序列重复次数存在个体差异多态性,因此STR也被称为细胞的DNA指纹。据估计,已建立的细胞系中,约20%是错误的细胞类型或物种起源,约30%存在种间或种内交叉污染(ICLA受污染细胞清单)。细胞系的交叉污染和错误辨识已成为生物医学基础研究和生物医药产业的重大危害,并导致科学研究结论错误、结果不可重复、临床细胞治疗失败等。因此NIH、ATCC、Science和Nature等权威机构多次发出呼吁并要求研究者对细胞进行鉴定。无论是文章投稿、基金申请、细胞治疗还是构建细胞库,细胞是否有“身份”都是必不可少的重要环节。
本单位可以提供快速、可靠的人源细胞STR鉴定服务,出具用于论文发表的中文或中英文检测报告,包括常规检测(8个位点和1个性别决定位点,此9位点为投稿要求的必检位点)、超常检测(20个位点和1个性别决定位点)。
二、服务内容
(一)人源细胞STR鉴定服务流程
(二)人源细胞STR鉴定服务特点
1.采用国际目前最先进的STR检测技术。ABI 3130xl DNA Analyzer(Applied Biosystems®)进行分析;检测结果用 GeneMapper ID-X v1.5 (Applied Biosystems®)软件进行分析。
2.灵敏度高。可以鉴别细胞样本中含有的少量其他人源细胞污染,检测线为皮克级:30pg/μL。
3.参考国际细胞鉴定委员会(ICLAC)发布的细胞鉴定标准:人源细胞鉴定采用STR检测方法。其中旧版(ASN-0002-2011):包含8个STR基因座位点。新版(ASN-002-2022)建议包含13个及以上STR基因座位点。
4.鉴定报告中文版或中英版(自选),以及图谱(见人源细胞STR分型检测图谱)。报告列举和标准细胞库匹配度≥80%的细胞STR数据列表,同时附上STR分型数据结果在标准细胞库的比对截图,使结果更加直观,便于分析理解。
5.种属鉴定作为辅助检测。当对样本进行人源细胞STR分型检测时,发现是非人源的,则进行种属鉴定,确认样本种属。
(三)人源细胞STR鉴定注意事项
1.样品寄送:用户提供DNA或细胞 样本,加冰袋运输;同时请注明细胞数量或DNA含量,DNA 含量最好大于50ng/μl,体积大于20μl。如提供细胞,请提供PBS细胞悬浮液,离心沉淀,去上清液,可常温特快专递运输(京外客户推荐方法);细胞数量≥106个。
2.正常检测周期5-7个工作日,加急2-3个工作日。同时,可以提供人源细胞STR分型检测整体解决方案,即提供ABI 3130xl和配套的试剂软件,技术培训,实现自行检测,控制检测时间。
3.本单位所提供的人源细胞STR分型检测可分为科研级,工业级。科研检测:遵循ISO17025原则,样本、数据长期保存,不支持现场审查;工业级:遵循ISO17025原则,样本、数据长期保存,支持现场审查。
(四)人源细胞STR鉴定结果交付
检测结果以电子版的形式发放到订单或合同上面预留的邮箱,书面报告可根据需要随时提供,寄送到贵单位。
三、人源细胞STR鉴定21位点
人类细胞21个基因座检测。目前基因座最多的检测服务,所选用的基因座不仅包含ATCC和JCRB细胞库中的基因座,更添加11个高度多态性位点,可方便与权威数据库进行比对,具有极高的准确性。位点如下:
比对数据库:ATCC、DSMZ、JCRB、COG、ECACC、KCLB、ICLC...
备注:
1.根据 ANSI 制定的国际标准,细胞系的匹配度≥80% 时,认为它们具有相关性,即衍生于共同的祖先细胞;匹配度在 55% 至 80% 之间,需要进一步验证相关性;小于 55%,表明两者不具有相关性。
2.有效峰为真实的PCR 条带;小峰和非特异性条带在计算中忽略不计。
3.本匹配度计算默认依照 ATCC 的计算规则,少数情况时依照 DSMZ 的计算规则,若有个性化需求委托方可提前提出。
4.委托方细胞样本若为干细胞,免疫细胞,原代细胞等细胞,且未提交至公开数据库,STR 数据与数据库比对无意义。
5.STR 数据比对默认 ATCC,DSMZ,JCRB 等细胞库,也可比对 ECACC,COG,CBA,KCLB 等数据库或文献,需提前注明被检样本的比对来源。
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